Päämajamuseo perustettiin vuonna 1974 avaamalla ylipäällikkö Suomen marsalkka G. Mannerheimin työhuone yleisölle. Vuosituhannen vaihteessa museo laajeni kahteen kerrokseen ja kuuteen eri näyttelytilaan, joista yläkerrassa on ennallistettu operatiivisen osaston maavoimatoimisto. Tuolloin kaikki Päämajamuseon tilat palautettiin sodan ajan asuun. Uusiutuvissa näyttelyissään museo keskittyy sodan johtamisen näkökulmaan, ylipäällikön persoonaan ja Mikkeliin päämajakaupunkina.

Päämajamuseo ja Muisti muodostavat yhtenäisen kokonaisuuden, joiden näyttelyt käsittelevät sodan ja rauhan teemoja sekä sotaa ilmiönä.